Alors que le variant Omicron suscite une inquiétude planétaire, retour sur les trajectoires contrastées des autres variants qui ont inquiété des derniers mois.

Le variant Omicron présente un « risque mondial très élevé » selon l’Organisation mondiale de la Santé, qui a classé ce variant comme « préoccupant ». Avant Omicron, d’autres variants ont suscité l’inquiétude des autorités mondiales, quatre d’entre eux avaient ainsi été classés comme variants préoccupants par l’OMS.

Les quatre autres variants « préoccupants »

• Alpha

C’est le nom donné au variant anglais, détecté le 18 décembre 2020 pour la première fois et qui est à l’origine d’une vague de contaminations, à l’hiver 2020. En France, on a estimé que le variant Alpha était environ 40% plus contagieux que la souche d’origine, tandis que les Britanniques estiment que sa virulence est 50% plus élevée.

Hégémonique au début de l’année 2021 et à l’origine de plusieurs vagues de contamination dans l’Hexagone, il n’est aujourd’hui presque plus détecté, largement remplacé par le variant Delta, plus contagieux.

• Bêta

C’est le nom donné au premier variant sud-africain, qui a suscité l’inquiétude au printemps 2021 dans l’Hexagone. En février, le variant sud-africain représente notamment 55% des cas positifs dans le département de la Moselle, soit davantage que le variant Alpha. Fin avril, Olivier Véran s’alarmait d’une hausse soudaine de la circulation de ce variant en Ile-de-France où il était passé de 6% à 10% des cas en une semaine.

Un variant considéré comme inquiétant car avec des risques d’échapper en partie à l’efficacité des vaccins, notamment du vaccin AstraZeneca. Le 9 avril, la Haute Autorité de santé (HAS) préconise de privilégier les vaccins à ARN messagers (soit Pfizer et Moderna) en Moselle, plutôt qu’AstraZeneca en raison de la présence importante du variant Bêta. Un variant aujourd’hui presque disparu des radars aujourd’hui, le dernier cas recensé en France remonte au 12 octobre, selon la plateforme GISAID.

En Afrique du Sud, avant l’arrivée d’Omicron, Bêta a été écrasé par l’arrivée de Delta, comme tous les autres variants, dont le C.1.2, qui a brièvement suscité l’inquiétude.

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• Gamma

Également connu sous le nom du variant brésilien, Gamma a, comme Bêta, particulièrement suscité l’inquiétude en France au printemps 2021. Identifié début février dans l’Hexagone, le variant Gamma aurait émergé courant décembre 2020 à Manaus (Brésil).

Également appelé variant P1, fortement présent en Guyane, il est alors modérément présent en métropole, avec environ 10% des cas dans la région Grand Est au printemps. S’il inquiète c’est parce que plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante, de 40 à 120 %. De plus, ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire induite par une infection avec les autres souches en circulation, pouvant ainsi accroître le risque de réinfection. C’est ce qui peut expliquer sa croissance au printemps 2021.

Un variant qui a progressivement disparu des radars en Europe. Ainsi, en France, le dernier cas recensé par GISAID remonte au 27 septembre. Il circule toutefois davantage en Amérique latine, où des cas ont été recensés en novembre au Brésil, en Équateur, en Argentine et au Pérou.

• Delta

Identifié pour la première fois en Inde en décembre 2020, il est considéré par une étude britannique comme étant 60% plus contagieux que le variant Alpha, qui était lui-même plus contagieux que la souche d’origine du SARS-Cov-2 en Europe.

Au début de l’été, il n’a fallu que 10 semaines au variant pour devenir majoritaire en France, remplaçant peu à peu Alpha et les autres variants en circulation. Delta est actuellement hégémonique sur le Vieux continent et en Amérique du Nord, et est responsable de la vague de contamination actuelle qui touche l’Europe.

Les deux « variants à suivre »

D’autres variants ont été classés comme variants à suivre par l’OMS, en raison de caractéristiques telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l’échappement immunitaire, la capacité d’échapper au diagnostic ou au traitement, et une transmission communautaire importante.

• Lambda

Identifié pour la première fois au Pérou en décembre 2020, il était identifié au 15 juin dans 29 pays. En France, le premier cas a été détecté en mai, et il représentait, au 15 juillet, 0,2% des séquences des tests analysés en France.

Selon l’OMS, le variant Lambda « a été associé à des taux substantiels de transmission communautaire dans de multiples pays, avec une prévalence croissant au fil du temps, parallèlement à l’augmentation de l’incidence du COVID-19 ».

Le 14 juin 2021, L’OMS classe ce variant comme « variant à suivre », en raison de son expansion mondiale et de la présence de plusieurs mutations notables. En concurrence avec le variant Delta, il ne parvient pas à s’imposer en Europe. En France, le dernier cas remonte au 12 octobre selon GISAID. Il circule toutefois davantage en Amérique du sud, mais est en diminution.

• Mu

Le variant Mu, identifié pour la première fois en Colombie en janvier 2021, suscite l’inquiétude depuis la fin de l’été. L’OMS l’a classé comme variant à suivre en septembre, lorsque sa prévalence a « constamment augmenté » en Colombie et en Equateur, où elle est désormais responsable respectivement d’environ 39 % et 13 % des infections.

En circulation en Amérique latine, il est moins présent en Europe. Le seul cas recensé en Europe le mois dernier l’a été le 2 novembre en Espagne. En France, il n’a pas été détecté depuis le 31 août, selon GISAID, « victime » de la concurrence de Delta, comme l’illustre ce graphique sur l’évolution des variants en Colombie. En rose, la courbe de croissance de Delta, flambe et fait s’écraser celle de Mu, en rouge.

Des variants « déclassés »

Cette catégorie de variants à suivre a été plus fournie par le passé, mais plusieurs variants ont été déclassés vers la catégorie « variants sous surveillance ». « Un variant à suivre ou un variant préoccupant dont il a été démontré de manière concluante qu’il ne posait plus de risque supplémentaire majeur pour la santé publique mondiale par rapport à d’autres variants circulants du SARS-CoV-2 peut être reclassé », explique l’OMS.

C’est le cas des variants Kappa : B.1.617.1 ; Iota : B.1.526 ; Eta : B.1.525 ; Epsilon : B.1.427/B.1.429, qui ont été relégués de variants à suivre à variant sous surveillance. D’autres, comme Zeta : P.2 ; Thêta : P.3. ne sont plus classés comme variant sous surveillance.

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